それは110年前に遡る―。
尸魂界（ソウル・ソサエティ）では新たな護廷十三隊隊長の就任に賑わいを見せていた。十二番隊隊長に就任した浦原喜助を認められずに反抗する猿柿ひよ里。彼女への対応を苦慮する浦原に対し、5番隊隊長である平子真子はあるアドバイスをする。

平子の助言により、自分らしく行くことを決めた浦原は、地下特別監理棟、通称『蛆虫の巣』の唯一の監獄にいる涅マユリを自分の隊にスカウトする。浦原は十二番隊の傘下に今まで存在しなかった組織を作ろうと考えたのだった。

平穏に時が流れる中、護廷十三隊の新入隊員に天才が入ったとの噂が流れる。たった一年で震央霊術院を卒業したその者は、五番隊に入隊する。その者の名は―

そして更に時は経ち、101年前―。 流魂街（ルコンガイ）では住人が服だけ残して跡形もなく消える、という奇怪な現象が多発していた。調査に出向いた六車拳西率いる九番隊は、先遣隊として出向いた隊員分の脱ぎ捨てられた死覇装を見つける。事態を重くみた拳西は夜営を張って見えない敵に備えることに。そこで拳西は信じられないものを見る―。

拳西や久南白、九番隊隊員の霊圧反応の消失を観測した尸魂界（ソウル・ソサエティ）は緊急事態に。護廷十三隊から三番隊隊長鳳橋楼十郎、五番隊隊長平子真子、七番隊隊長愛川羅武、鬼道衆副鬼道長有昭田鉢玄、そして八番隊副隊長矢胴丸リサの5名が現場に向かう。ひよ里を現場へ行かせた事に焦り、自分も行くと主張する浦原。そんな彼を京楽はたしなめる。

事件現場へ駆けつけた5人が見たものは、奇妙な仮面を身につけた拳西たちの姿だった。
尋常ではない力を発揮する拳西たちに、仲間ゆえに本気を出せない平子たちは苦戦を強いられる。ようやく押さえつけたかに思えたのつかの間、ひよ里にも仮面が現れ、平子に剣を向ける！更に追い討ちかけるように辺りが突如暗くなり、そしてそこに現れたのは・・・

全ての黒幕は藍染だった！藍染を危険な信用できない者と感じた平子は、副隊長に任命することで彼を監視していた。ところがそれが仇となり、藍染の鏡花水月の力によって偽者とすり替わっていたことに気づかなかったのだ。藍染の策にはまり、虚（ホロウ）化が進み絶対絶命の状況に陥る平子の前に、浦原と鬼道衆総裁大鬼道長握菱鉄裁が現れる。

倒れている者たちが虚（ホロウ）化していることを見抜いた浦原。虚（ホロウ）化の進行を止めるため、『崩玉（ほうぎょく）』を使って治療をしようとするものの、失敗してしまう。意気消沈する浦原に更に追い討ちをかける事態が。中央四十六室によって浦原と鉄裁が捕らえられてしまう。

平子たちを虚（ホロウ）化したのは浦原とされ、更には虚（ホロウ）化した者たちは処分、という決定を出す中央四十六室。藍染によって尸魂界（ソウル・ソサエティ）全てが騙されていることに絶望を感じる浦原。四楓院夜一によって助けられたものの、尸魂界（ソウル・ソサエティ）で平子たちを治すことは不可能と悟った浦原は、現世に身を潜め虚（ホロウ）化を解除する方法を見つけることを決意するのであった。

そして、時は遡り101年後―。過去に決着をつけるため、平子たちは再び立ち上がる―。